متصفح مؤشر جينات ميرك: نظام تكامل بيانات قابل للتوسع للعثور على الجينات، وتصنيف الجينات، وتنقيب بيانات تسلسل التعبير.

الدافع: لاستخدام فعال للكميات الهائلة من بيانات تسلسل علامة التعبير (EST) التي تم توليدها بواسطة مشروع EST المدعوم من ميرك وجهود مماثلة أخرى، يجب تنظيم التسلسلات في فئات جينية، ويجب أن يكون لدى العلماء القدرة على 'تنقيب' بيانات فئة الجين في سياق البيانات الجينومية ذات الصلة. النتائج: يقدم هذا البحث متصفح مؤشر جينات ميرك، وهو نظام سهل التوسع، قائم على الويب، لتعدين مؤشر جينات ميرك (MGI) والبيانات الجينومية ذات الصلة. يشكل مؤشر MGI مجموعة غير متكررة من النسخ والتسلسلات، كل منها يمثل جيناً مdistinct، تم بناؤه من جميع تسلسلات EST عالية الجودة التي تم توليدها بواسطة مشروع EST المدعوم من ميرك. يدمج متصفح MGI البيانات من مجموعة متنوعة من المصادر وطرق التخزين، سواء المحلية أو البعيدة، باستخدام استراتيجية تكامل انتقائية، تتضمن اتحاد قاعدة بيانات علائقية، ومستودع بيانات محلي، وروابط نصية بسيطة. تشمل البيانات المدمجة حالياً: بيانات النسخ cDNA و EST من LENS، وبيانات التشابه للبروتين والحمض النووي غير EST من dbEST، ومخططات تسلسل WashU. بيانات تسلسل Entrez ومدخلات Medline، ومجموعات جينات UniGene. يتم الوصول إلى بيانات تسلسل Flatfile باستخدام خادم Bioapps، وهو نظام عميل-خادم تم تطويره داخلياً يدعم تطبيقات تحليل التسلسل العامة. يتم استرجاع البيانات الخاصة بالمتصفح وتنسيقها بواسطة مجموعة أدوات تكامل بيانات المعلومات الحيوية (B-DIT)، وهي مجموعة جديدة من روتينات Perl.