تكنولوجيات السحاب لتطبيقات المعلوماتية الحيوية

تنفيذ عدد كبير من المهام المستقلة أو المهام التي تؤدي الحد الأدنى من التواصل بين المهام في نفس الوقت هو مطلب شائع في العديد من المجالات. في هذه الورقة، نقدم تجربتنا في تطبيق تقنيتين جديدتين من ميكروسوفت، Dryad وAzure، على ثلاث تطبيقات في المعلوماتية الحيوية. نقارن أيضًا مع MPI التقليدي في حالة واحدة. التطبيقات هي برنامج تجميع تسلسلات EST (علامات التسلسل المعبر عنها)، حزمة PhyloD الإحصائية لتحديد تطور الفيروسات المرتبطة بـ HLA، وتطبيق محاذاة ألي جين للأزواج. نقدم مناقشة تفصيلية للأداء على مجموعة خوادم Windows HPC تحتوي على 768 نواة وAzure. جميع التطبيقات تبدأ بخطوة "موازية للبيانات المزدوجة" تشمل بيانات مستقلة مختارة من قاعدتين بيانات مماثلتين (EST، Alu) أو قاعدتين بيانات مختلفتين (PhyloD). تطبيق برنامج CAP3 (لـ EST) على مجموعة من الملفات.