انحلال الهيستون H3 بوساطة اليوبكويتين لا يتطلب رابطة اليوبكويتين البروتينية المرتبطة بالمادة السفلية، E3، أو ارتباط سلاسل البوليوبكويتين.

تم تحضين هيستون H3 المعالج بالأشعة اليودية مع اليوبكويتين، وانزيم تنشيط اليوبكويتين E1، وواحد من ثلاثة بروتينات ناقلة لليوبكويتين، إما E2(20K) أو E2(32K) أو ناتج الفطر RAD6. على الرغم من أنه قد تم تصنيع الارتباطات الناتجة من اليوبكويتين مع الهيستون في غياب البروتين المرتبط بالمادة السفلية E3، فقد تم تحللها nevertheless بواسطة بروتيز أرنب مكرر 26 S المنقى. على العكس، ظل الهيستون H3 غير المعدل سليماً عند تحديه مع إنزيم 26 S اليوبكويتين / ATP المعتمد. كانت الارتباطات المنتجة بواسطة بروتين RAD6 أفضل مواد خاضعة للبروتستيز مقارنة بتلك التي تشكلت بواسطة E2 من كريات الدم الحمراء، ما لم يتم استخدام جزيئات يوبكويتين مع ليزينات متغيرة لتخليق الارتباط. أدى استبدال اليوبكويتين المثيل أو جزيئات اليوبكويتين التي تم تحويل ليزين 48 فيها إلى أرجينين بواسطة طفرات موجهة إلى تشكيل ارتباطات هيستون تم تحللها بمعدلات بطيئة ولكن قابلة للقياس. نظرًا لأن جزيئات اليوبكويتين المثيل غير قادرة على تشكيل سلاسل بوليوبكويتين متشعبة، فإن هذه النتائج تظهر أن لا "أشجار" اليوبكويتين ولا العامل المرتبط بالمادة السفلية E3 مطلوبان بشكل مطلق للتحلل المعتمد على اليوبكويتين للهيستون H3 في الحضانة.