دراسة حسابية لتخصص البروتين: الأساس الجزيئي لمقاومة دواء بروتاز فيروس نقص المناعة البشرية 1

لقد حدت مقاومة الأدوية بشكل حاد من فعالية مثبطات بروتاز فيروس نقص المناعة البشرية 1 في علاج الإيدز. من الضروري بشكل حرج فهم أساس هذه المقاومة لتصميم أدوية جديدة. لقد قمنا بتقييم مساهمة الطاقة الحرة لكل بقايا في بروتاز فيروس نقص المناعة البشرية في الارتباط مع أحد الركائز الخاصة بها ومع خمسة أدوية بروتاز معتمدة من إدارة الغذاء والدواء. تشير تحليل هذه الملفات الطاقية الحرة وتقلب كل موضع تسلسل إلى: (i) من المحتمل أن تحدث طفرات مقاومة دواء فردي في بقايا غير محفوظة جيدًا إذا كانت تتفاعل بشكل أكثر ملاءمة مع الأدوية مقارنة بالركيزة؛ و (ii) يجب أن تمتلك الأدوية المتجنبة للمقاومة ملف طاقة حرة مشابه للركيزة وتفاعل بشكل أكثر ملائمة مع البقايا المحفوظة جيدًا. نقترح أيضًا معلمة تجريبية، تسمى قيمة الطاقة الحرة/التقلب، والتي تجمع بين حساب الطاقة الحرة وتحليل التسلسل لتقديم اقتراحات حول طفرات مقاومة الأدوية المحتملة على البروتاز. يتم تعريف قيمة الطاقة الحرة/التقلب كمنتج مساهمة واحدة من بقايا على الطاقة الحرة للارتباط والتقلب لتلك البقايا. يمكن أن تساعد هذه المعلمة في تصميم أدوية تتجنب المقاومة لأي هدف.