Key points are not available for this paper at this time.
لقد طورنا نظام برمجي متكامل قابل للوصول عبر الويب يسمى قاعدة بيانات تعبير البروتينات في جامعة ييل (YPED) لتلبية الحاجة إلى تخزين واسترجاع وتحليل متكامل لكميات كبيرة من البيانات من تقنيات البروتيوميات عالية السعة. YPED هو نظام مفتوح المصدر يدمج نتائج تحليل الهلام مع تحديدات البروتين من تجارب DIGE. يرتبط النظام بقع الجيل من DIGE والصورة، التي تم تحليلها باستخدام DeCyder، بتحديدات البروتينات الكتلية من بقع الهلام المختارة. بعد هضم التربسين في الهلام، يتم تحليل البروتينات في بقع الاهتمام باستخدام MALDI-TOF/TOF على جهاز AB 4700 أو، مؤخرًا، على جهاز AB 4800 مع تحديدات البروتينات التي تتم بواسطة Mascot بالتعاون مع نظام AB GPS Explorer. بالإضافة إلى DIGE، يتعامل YPED حاليًا مع تحديدات البروتينات من تجارب MudPIT وiTRAQ وICAT. أوصاف العينات متوافقة مع معايير MIAPE المتطورة. يتم التحقق من نتائج MS/MS المتتابعة من MudPIT وICAT باستخدام Trans-Proteomic Pipeline ثم تخزينها في قاعدة البيانات للمشاهدة والربط بالبروتينات المحددة. يمكن للباحثين عرض وإعداد وتنزيل بياناتهم من خلال واجهة ويب آمنة تتضمن جدولًا يحتوي على البروتينات المحددة، ملخص العينة، وصف العينة، وصورة هلام قابلة للنقر لعينات DIGE. تتوفر أدوات لتسهيل مقارنة العينات وعرض الفوسفوبروتينات. يتوفر أيضًا تقرير ملخص يحتوي على تعليقات نظام تصنيف PANTHER للمساعدة في التفسير البيولوجي للنتائج. الكود المصدري مفتوح المصدر ومتوفر من http://yped.med.yale.edu/ypeddist.
شيفمان وآخرون (السبت) درسوا هذا السؤال.