تنبؤ دقيق بالهياكل ثلاثية الأبعاد للعائلات الرئيسية من البروتينات

نستخدم طريقة تنبؤ الهيكل من جديد (de novo) من Rosetta لإنتاج نماذج من الهياكل ثلاثية الأبعاد لجميع عائلات تسلسل Pfam-A التي يبلغ متوسط طولها أقل من 150 بقايا ودون ارتباط بأي بروتين معروف التركيب. لتقدير موثوقية التنبؤات، تم ضبط الطريقة على 131 بروتينًا معروف التركيب. بالنسبة لحوالي 60% من البروتينات، تم التنبؤ بأحد أفضل خمسة نماذج بشكل صحيح لأكثر من 50 بقايا، ولتقريباً 35% تم تحديد عائلة SCOP الصحيحة في بحث هيكلي في بنك بيانات البروتين باستخدام أحد النماذج. تتوافق هذه الأداءات مع النتائج من التقييم الرابع الحاسم لتنبؤ الهيكل (CASP4). يمكن تمييز التنبؤات الصحيحة وغير الصحيحة جزئياً باستخدام دالة الثقة المستندة إلى مزيج من تلاقي المحاكاة وطول البروتين وتشابه تنبؤ الهيكل المعطى مع هياكل البروتين المعروفة. بينما يمنع عدم دقة وموثوقية الطريقة استخلاص استنتاجات حاسمة، تقدم نماذج Pfam المعلومات الوحيدة عن التركيب الثلاثي المتاحة لـ 12% من تسلسلات المعلومات المتاحة للجمهور والتي تمثلها هذه العائلات الكبيرة من البروتينات.