نهج لتحديد العناصر الساكنة الممثلة بشكل مفرط في التسلسلات ذات الصلة

التحديد الحسابي لمواقع ارتباط عوامل النسخ هو مجال بحث مهم في البيولوجيا الحسابية. مصفوفة الوزن الموضعية (PWM) هي نموذج لوصف نمط تسلسل مواقع الارتباط. عادةً ما تتطلب طرق التنبؤ بمواقع ارتباط عوامل النسخ المعتمدة على مصفوفات PWM عتبات محددة من قبل المستخدم. العتبة التعسفية وأيضًا انخفاض الخصوصية النسبي للخوارزمية تمنع تفسير نتائج مثل هذا التحليل بشكل صحيح. في هذه الدراسة، تم تطوير طريقة لتحديد العناصر الساكنة الممثلة بشكل مفرط باستخدام درجات التشابه القائمة على مصفوفات PWM. تم تحليل ثلاث مجموعات من المحفزات المرتبطة ارتباطًا وثيقًا، وتم الإبلاغ فقط عن الأنماط الممثلة بشكل مفرط التي تتمتع بدرجات تشابه عالية مع PWM. يمكن أيضًا تحديد العتبات لتقييم درجات التشابه مع مصفوفات PWM لمواقع ارتباط عوامل النسخ المفترضة تلقائيًا أثناء التحليل، والتي يمكن استخدامها أيضًا في الأبحاث المستقبلية بنفس مصفوفات PWM. البرنامج المتاح عبر الإنترنت موجود على الموقع: http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/-zhengjsh/OTFBS/.