SeqTrim: خط أنابيب عالي الإنتاجية لمعالجة مسبقة لأي نوع من تسلسلات القراءة

الخلفية: أدّى التسلسل الآلي عالي الإنتاجية إلى معدل نمو أسي في بيانات التسلسل. يتطلب ذلك زيادة جودة التسلسل وموثوقيته لتجنب تلوث قاعدة البيانات بتسلسلات مصطنعة. ظهور تقنية البيروسكوانسينغ يعزز هذه المشكلة ويتطلب خوارزميات معالجة مسبقة قابلة للتخصيص. النتائج: تم تنفيذ SeqTrim كخدمة ويب وكبرنامج مستقل. تم تضمين خوارزميات تم نشرها سابقا وأخرى مصممة حديثًا للتعرف على إدخالات التسلسل، وإزالة التسلسلات ذات الجودة المنخفضة والناقلات والمحولات والتسلسلات منخفضة التعقيد والتلوث، وكشف القراءات الهيميرية. توفر عدة تنسيقات للإدخال والإخراج إمكانية تضمينه في سير العمل لمعالجة التسلسل. بفضل خوارزمياته الخاصة، يتفوق SeqTrim على معالجات مسبقة أخرى تم تنفيذها كخدمات ويب أو تطبيقات مستقلة. يعمل بشكل جيد مع تسلسلات من مكتبات EST، مكتبات SSH، مكتبات الحمض النووي الجينومي وقراءات البيروسكوانسينغ ولا يؤدي إلى التغليف المفرط. الاستنتاجات: يعد SeqTrim خط أنابيب فعال مصممًا لمعالجة مسبقة لأي نوع من تسلسلات القراءة، بما في ذلك التسلسل من الجيل التالي. يمكن تكوينه بسهولة ويوفر واجهة صديقة تسمح للمستخدمين بمعرفة ما حدث مع التسلسلات في كل مرحلة من مراحل المعالجة المسبقة، والتحقق من المعالجة المسبقة لتسلسل فردي إذا رغبوا في ذلك. يكشف خط الأنابيب الموصى به عن معلومات أكثر عن كل تسلسل مقارنة بالمعالجات المسبقة الموصوفة سابقًا ويمكنه التخلص من المزيد من العيوب التجريبية أو الناتجة عن التسلسل.