مصطلحات طاقة جديدة لنماذج البروتين المخفضة تم تنفيذها في مجال قوة غير موحد

تُقدم معلمات واختبارات لنموذج بروتين مخفض مع مصطلحات طاقة جديدة. تحتفظ المصطلحات الجديدة بالخصائص الاستيرية وأهم درجات الحرية لسلاسل جانبية من البروتين بطريقة فعالة باستخدام واحد إلى ثلاثة ذرات افتراضية لكل وحدة حمض أميني. تم تنفيذ المصطلحات الطاقية في مجال قوة يحتوي على عناصر هيكل ثانوي محددة مسبقًا كقيود، ومصطلحات التفاعل الكهروستاتيكي، ومصطلح مساحة السطح القابلة للوصول للمذيب لتضمين تأثير الإذابة. في مجال القوة، يتم نمذجة وحدات الببتيد الوريدية كأقطاب كهربائية، والتي لها اتجاهات ثابتة في اللولب α والأوراق β واتجاهات متغيرة تعتمد على التكوين في الحلقات. يمكن نمذجة الهياكل الثانوية للبروتين بسهولة باستخدام هذه المصطلحات القطبية. تم اشتقاق معلمات مجال القوة باستخدام مجموعة كبيرة من الهياكل البروتينية التجريبية وتم تحسينها عن طريق تقليل أخطاء RMS بين الهياكل التجريبية والهياكل التي تم إنشاؤها باستخدام محاكاة الديناميات الجزيئية. كان متوسط الخطأ النهائي في RMS 3.7 Å لذرات البنية الرئيسية الافتراضية (ذرات C α) و 4.2 Å لجميع الذرات الافتراضية لمجموعة اختبار من 10 بروتينات تحتوي على 58-294 وحدة حمض أميني. تم اختبار مجال القوة أيضًا مع مجموعة اختبار أكبر بكثير من 608 بروتينات مما أدى إلى دقة أقل قليلاً. تم تقييم قدرات التعرف على الطيات لمجال القوة أيضًا باستخدام مجموعة من 27,814 هيكل وهمي غير مطوي. © 2001 جون وايلي وأولاده، Inc. J Comput Chem 22: 1229–1242، 2001