بنية وديناميكيات أوليغومر DNA الفلوري الذي يحتوي على تسلسل التعرف EcoRI: دراسات الفلورية، الديناميات الجزيئية، وNMR

تم دراسة الديوكليويد الذاتي التوافق الDNA الديكامير d(CTGAATTCAG)2 ونظيره المعدل d(CTGA2APTTCAG)2، حيث تم استبدال الأدينين الأعمق (6-أمينوبورين) بالمرادف الفلوري 2-أمينوبورين (2AP)، عن طريق الفلورية وتقنية الطيف الكهرومغناطيسي NMR وتم محاكاته بواسطة الديناميات الجزيئية. يتم التعرف على الديكاميرات وكسرها بواسطة إنزيم EcoRI. تظهر نتائج 2D NMR أن كلا الديكاميرين لهما تكوين B القياسي تحت 20 درجة مئوية، على الرغم من وجود اضطراب في الجانب 5' من موقع 2AP والذي قد ينشأ من زيادة الحركة المحلية. تم دراسة تلاشي الفلورية والانحراف الفلوري لكلا الديكاميرين، بالإضافة إلى الديكامير الذي يحتوي على 2AP في سلسلة واحدة فقط، كدالة لدرجة الحرارة. تظهر البيانات أن قاعدة 2AP توجد في توزيع يعتمد على درجة الحرارة من الحالات وتظهر حركات سريعة، مما يشير إلى التحويل بين هذه الحالات على نطاق زمني يتراوح حوالي 10(-10) ثانية. يظهر التكامل الفلوري للديكامير الذي يحتوي على 2AP في كلا السلسلتين زيادة كبيرة حول درجة حرارة انصهار اللولب في حين أن الديكامير الذي يحتوي على 2AP واحد يظهر زيادة خفيفة فقط، مما يُظهر أن اللولب المختلط له تحول هيكلي مختلف كما يت sensed بواسطة قاعدة 2AP. تشير البيانات إلى نموذج للحالات الشكلية التي لها أوقات تفكك فلورية متميزة. قد تختلف الحالات المختلفة في درجة تراص القواعد. تدعم تقلبات درجة تراص قاعدة A أو 2AP بواسطة محاكاة الديناميات الجزيئية، والتي تُظهر أيضًا أن الروابط الهيدروجينية للزوج القاعدي 2AP-T أو A-T تبقى سليمة خلال هذه الحركات الكبيرة.