What does this research mean for the field?

An adapted RNA isolation protocol incorporating focused ultrasonication increases RNA yield by 8- to 12-fold and improves RNA quality from small laser-capture microdissected FFPE tissue samples compared to standard protease-based methods. Novelty: ClaimNovelty.METHODOLOGICAL. Consensus alignment: ConsensusAlignment.NEUTRAL.

August 23, 2017Open Access

بروتوكول محسن لعزل ARN من قطع صغيرة من أنسجة FFPE المقطعة بالليزر القابلة للتسلسل من الجيل التالي

PAParisa AminiNovartis (Switzerland)JEJulia EttlinUniversity of Zurich LOLennart OpitzUniversity of Zurich

Key Points

Key points are not available for this paper at this time.

Abstract

الخلفية: تشكل أنسجة (FFPE) المعلقة بالفرمالين كنزًا هائلًا من العينات للبحث البيولوجي الطبي. حتى الآن، كانت عملية استخراج ARN من أنسجة FFPE صعبة بسبب التداخل الكيميائي بين ARN والبروتينات وتجزئة ARN، وهما عاملان يؤثران بشكل كبير على كمية ARN وجودته لتحليلها لاحقًا. مع حجم عينات صغير جدًا، على سبيل المثال عند إجراء عملية تشريح دقيق باستخدام الليزر (LCM) لعزل مجموعات فرعية محددة من الخلايا، يصبح استرداد كمية كافية من ARN للتحليل باستخدام تفاعل البوليمراز المتسلسل العكسي الكمي (RT-qPCR) أو التسلسل من الجيل التالي (NGS) أمرًا شاقًا وصعبًا جدًا. الطرق: قمنا باستئصال الخلايا السرطانية المرتبطة بالستروما (CAS) والستروما الطبيعية من العينات السريرية لأورام الثدي الكلبية المحفوظة باستخدام LCM، وقارنّا بين إجراء العزل القائم على البروتينات المستخدمة عادةً وتقنية جديدة معدلة تتضمن أيضًا خطوة تركيز بالموجات فوق الصوتية. النتائج: لقد قمنا بنجاح بتكييف بروتوكول يستخدم الموجات فوق الصوتية المركزة لعزل ARN من كميات صغيرة من عينات LCM السريرية المصفاة والمصبوغة. باستخدام هذه الطريقة، وجدنا أن مردود ARN الكلي يمكن أن يزيد بمعدل يتراوح بين 8 إلى 12 مرة مقارنةً بتقنية الاستخراج القائمة على البروتينات المستخدمة عادةً. ولدهشتنا، كان ARN المستخرج باستخدام هذه الطريقة الجديدة من حيث الجودة على الأقل متساويًا أو متفوقًا مقارنةً بالطريقة القديمة، حيث كانت قيم Cq في RT-qPCR أقل بمعدل 2.3 مرة باستخدام الطريقة الجديدة. أخيرًا، نظهر أن ARN المستخرج باستخدام الطريقة الجديدة يؤدي أداءً مشابهًا في NGS أيضًا. الاستنتاجات: نقدم بروتوكول عزل ناجح لاستخراج ARN من عينات أنسجة FFPE الصعبة والمحدودة التي تتيح التحليل الناجح للقطع الصغيرة من العينات السريرية ذات الصلة. إن إمكانية دراسة بصمات التعبير الجيني في قطع صغيرة محددة من أنسجة FFPE الأرشيفية، التي غالبًا ما تتضمن كميات كبيرة من بيانات المتابعة السريرية ذات الصلة، تفتح بُعدًا جديدًا للعينات التي كان من الصعب تحليلها والتي أصبحت الآن قابلة للدراسة.

اسأل الذكاء الاصطناعي

Bookmark

View Full Paper