December 9, 2010Open Access
View Full Paperموغسي: محاذاة متعددة سريعة للجينومات الكاملة المرتبطة ارتباطًا وثيقًا
Key Points
Key points are not available for this paper at this time.
Abstract
الدافع: أدت السهولة النسبية والتكلفة المنخفضة لتقنيات تسلسل الجيل الحالي إلى زيادة كبيرة في عدد الجينومات المتسلسلة للأنواع عبر شجرة الحياة. يتطلب هذا الحجم المتزايد من البيانات أدوات يمكنها مقارنة تسلسلات الجينوم الكاملة بسرعة، بطول ملايين الأزواج القاعدية، للمساعدة في دراسة السكان، والجينومات الشاملة، وتطور الجينوم. النتائج: نقدم أداة محاذاة متعددة جديدة للجينومات الكاملة تُسمى موغسي. موغسي فعالة حسابيًا ويمكنها محاذاة 31 جينومًا من الملتينة الرئوية في أقل من ساعتين، مما ينتج عنه محاذاة تتنافس بشكل إيجابي مع أدوات أخرى. كما أن موغسي هو أسرع برنامج تم تقييمه لمحاذاة متعددة لتسلسلات الكروموسومات البشرية المجمعة من أربعة أفراد. لا تتطلب موغسي تسلسل مرجعي، ويمكنها محاذاة مزيج من بيانات الجينوم المجمعة والمسودة المكتملة، وهي قوية في التعرف على مجموعة غنية من التباين الجيني بما في ذلك التكرارات، وإعادة الترتيب، واكتساب وفقدان التسلسل على نطاق واسع. التوفر: موغسي هو برنامج مجاني ومفتوح المصدر متاح من http://mugsy.sf.net.