من تنظيم الجينات المحدد إلى الشبكات الجينومية: تحليل عالمي لتنظيم النسخ في الإشريكية القولونية

بما أن عددًا كبيرًا من الآليات الجزيئية المعنية بتنظيم الجينات قد وُصِفت خلال العقود الماضية، فقد أصبح من الممكن الآن معالجة الأسئلة حول التركيبة العالمية لشبكات تنظيم الجينات، على الأقل في حالة بعض الكائنات الحية الأكثر دراسة. تقدم هذه الورقة وصفًا عالميًا لتنظيم النسخ في الإشريكية القولونية استنادًا إلى البيانات الحالية. تم تقييم الاتصال في الشبكة المعنية من خلال تحليل توزيع عدد الجينات التي يتم تنظيمها بواسطة بروتين تنظيمي معين، وتوزيع عدد الجينات التنظيمية التي تنظم جينًا محددًا. تُظهر متوسط الاتصال الموجود (بين 2 و 3) هيكلًا متصلًا بشكل غير محكم. يتم إعطاء أهمية خاصة للتسلسلات الدائرية من التفاعلات ("الدارات") بسبب خصائصها الديناميكية الحرجة. تم العثور فقط على دارات ذات عنصر واحد، حيث يكون التنظيم الذاتي السلبي هو الهيكل السائد. تتم مناقشة هذه الخصائص العالمية في سياق عدة مقاربات نظرية ذات صلة، وكذلك من حيث الاعتبارات الفسيولوجية والتطورية.