Key points are not available for this paper at this time.
البلازميدات هي عناصر وراثية خارج الصبغي تتكاثر بشكل مستقل عن الكروموسوم وتلعب دورًا حيويًا في التكيف البيئي للبكتيريا. نظرًا لقدرتها المحتملة على التحرك أو الاقتران، تعد البلازميدات ناقلات وراثية هامة لجينات مقاومة مضادات الميكروبات وعوامل الفوعة، مما لها من عواقب سريرية هائلة ومتزايدة. ولذلك، فهي موضوع دراسات جينومية كبيرة ضمن المجتمع العلمي على مستوى العالم. نتيجة لتحسين طرق تسلسل الجيل القادم بسرعة، فإن كمية الجينومات البكتيرية المرقمة في تزايد مستمر، مما يزيد من الحاجة إلى أدوات متخصصة لـ (i) استخراج تسلسلات البلازميد من التجميعات الأولية، (ii) تحديد أصلها وتوزيعها، و(iii) التحقيق بشكل أعمق في مجموعةها الوراثية. مؤخرًا، ظهرت العديد من الطرق والأدوات المعلوماتية البيولوجية لمعالجة هذه المسألة؛ ومع ذلك، فإن تحقيق مزيج من الحساسية العالية والنوعية في تحديد تسلسل البلازميد نادرًا ما يتم بطريقة مستقلة عن النوع. بالإضافة إلى ذلك، العديد من أدوات البرمجيات ليست مناسبة للتحليلات الكبيرة عالية الإنتاجية أو لا يمكن تضمينها في خطوط البرمجيات الحالية بسبب تصميمها الفني أو تنفيذها البرمجي. في هذه الدراسة، تحققنا من الفروقات في توزيعات النسخ لجينات الترميز البروتيني على نطاق واسع كنهج جديد لتمييز المتسلسلات البلازميدية عن المتسلسلات الكروموسومية. عرفنا وحسبنا عتبات التمييز الإحصائي لمقياس جديد: درجة توزيع النسخ (RDS)، التي حققت دقة تبلغ 96.6%. تم تحسين الأداء النهائي بشكل أكبر من خلال دمج مقياس RDS مع heuristics تستغل عدة تصنيفات متسلسلات بلازميدية عالية المستوى. قمنا بتنفيذ هذه العملية في أداة معلوماتية بيولوجية جديدة عالية الإنتاجية وغير نوعية تدعى Platon لاستقطاب وتوصيف المتسلسلات البلازميدية من التجميعات الأولية ذات القراءات القصيرة. بالمقارنة مع PlasFlow، حقق Platon دقة أعلى (97.5%) وتنبؤات أكثر توازنًا (F1=82.6%) تم اختبارها على مجموعة واسعة من الأنواع البكتيرية وأداء أفضل أو متساوي مقابل الأدوات المستهدفة PlasmidFinder وPlaScope على عزل Escherichia coli المرقمة. Platon متاح على: http://platon.computational.bio/.
درس شوينجرز وآخرون (الأربعاء) هذا السؤال.