MEGA5: تحليل الوراثة الجزيئية التطورية باستخدام طرق الاحتمالية القصوى، المسافة التطورية، والطريقة البرمانية القصوى

التحليل المقارن لبيانات التسلسل الجزيئي ضروري لإعادة بناء التواريخ التطورية للأنواع واستنتاج طبيعة ومدى القوى الانتقائية التي تشكل تطور الجينات والأنواع. هنا، نعلن عن إصدار التحليل الوراثي التطوري الجزيئي الإصدار 5 (MEGA5)، وهو برنامج سهل الاستخدام للتنقيب في قواعد البيانات عبر الإنترنت، وبناء محاذاة التسلسلات والأشجار التطورية، واستخدام أساليب المعلومات الحيوية التطورية في الأحياء الأساسية، والطب الحيوي، والتطور. الإضافة الأحدث في MEGA5 هي مجموعة من تحليلات الاحتمالية القصوى (ML) لاستنتاج الأشجار التطورية، واختيار نماذج الاستبدال الأفضل ملاءمة (نوكليوتيد أو حمض أميني)، واستنتاج الحالات والسلاسل الأسلافية (جنبًا إلى جنب مع الاحتمالات)، وتقدير معدلات التطور موقعًا بعد موقع. في تحليلات المحاكاة الحاسوبية، قارنت خوارزميات استنتاج الأشجار باستخدام ML في MEGA5 بشكل إيجابي مع حزم برمجية أخرى من حيث الكفاءة الحاسوبية ودقة تقديرات الأشجار التطورية، ومعلمات الاستبدال، وتفاوت المعدلات بين المواقع. تم تحسين واجهة المستخدم في MEGA الآن لتكون مدفوعة بالنشاط لتسهيل استخدامها لكل من المبتدئين والعلماء المتمرسين. تم تصميم هذا الإصدار من MEGA لنظام ويندوز، وقد تم تهيئته للاستخدام الفعال على أنظمة ماك OS X ولينكس. وهو متاح مجانًا من http://www.megasoftware.net.