MEGA5: Análise de Genética Evolutiva Molecular Usando Máxima Verossimilhança, Distância Evolutiva e Métodos de Máxima Parcimônia

A análise comparativa de dados de sequência molecular é essencial para reconstruir as histórias evolutivas das espécies e inferir a natureza e a extensão das forças seletivas que moldam a evolução de genes e espécies. Aqui, anunciamos o lançamento da versão 5 da Análise de Genética Evolutiva Molecular (MEGA5), que é um software amigável para mineração de bancos de dados online, construção de alinhamentos de sequência e árvores filogenéticas, e utilização de métodos de bioinformática evolutiva em biologia básica, biomedicina e evolução. A mais nova adição ao MEGA5 é uma coleção de análises de máxima verossimilhança (ML) para inferir árvores evolutivas, selecionar os melhores modelos de substituição (nucleotídeos ou aminoácidos), inferir estados e sequências ancestrais (junto com probabilidades) e estimar taxas evolutivas site a site. Em análises de simulação computacional, os algoritmos de inferência de árvores ML no MEGA5 compararam-se favoravelmente com outros pacotes de software em termos de eficiência computacional e precisão das estimativas de árvores filogenéticas, parâmetros de substituição e variação de taxa entre locais. A interface do usuário do MEGA agora foi aprimorada para ser orientada a atividades, tornando mais fácil o uso tanto para iniciantes quanto para cientistas experientes. Esta versão do MEGA está destinada à plataforma Windows e foi configurada para uso eficaz em desktops Mac OS X e Linux. Está disponível gratuitamente em http://www.megasoftware.net.