الهضم البروتيني المدعوم بالمنظفات—في طريقه لتجنب عنق الزجاجة الرئيسي في البروتيوميات السفلية العشوائية

تعتبر بروتيوميات السفلية العشوائية بدون هلام النظام المنهجي الرئيس لمختلف أبحاث البروتيوم الحديثة. تفترض هذه المنهجية العزل الكمي للجزء الكلي من البروتين من عينة بيولوجية معقدة، وتخريبه المحدود باستخدام بروتينات موقعة، وتحليل البيبتيدات الناتجة باستخدام كروماتوغرافيا السائل عالية الأداء ذات الطور العكسي على النانو-(تدفق مزدوج) والطيف الكتلي (nanoRP-HPLC-MS وMS/MS)، وتحديد البروتين من خلال البحث في قاعدة بيانات التسلسل وتحليل كمي قائم على البيبتيد. الخطوات الأكثر أهمية في سير العمل هذا هي إعادة تشكيل البروتين والهضم؛ لذلك، تعتبر المنظفات والعوامل المسببة للفوضى ضرورية لضمان ذوبان كامل لعزلات البروتين المعقدة وتحقيق الوصول إلى جميع مواقع قطع البروتينات. ومع ذلك، فإن المنظفات غير متوافقة مع كل من فصل RP وتأين الرذاذ الكهربائي (ESI). لذلك، لجعل تحليل LC-MS ممكنًا، تم تطبيق عدة استراتيجيات في سير عمل البروتيوميات العشوائية. تعتمد هذه التقنيات إما على هضم إنزيمي في مصافي مركزية مع إخلاء المنظف فيما بعد، أو استخدام عوامل سطحية متوافقة مع MS، التي يمكن أن تتحلل عند الهضم. في هذه المراجعة، نتناول جميع الاستراتيجيات المتاحة حاليًا لهضم البروتين المدعوم بالمنظفات فيما يتعلق بكفاءتها النسبية عند تطبيقها على مصفوفات بيولوجية مختلفة. نناقش بشكل نقدي التقدم الحالي وآفاق هذه التقنيات في سياق تقدمها والفجوات الموجودة فيها.