Digestion des protéines assistée par détergent—En route pour éviter le principal goulet d'étranglement de la protéomique shotgun bottom-up

La protéomique shotgun bottom-up sans gel est la principale plateforme méthodologique pour la recherche sur le protéome de pointe. Cette méthodologie suppose l'isolement quantitatif de la fraction protéique totale à partir d'un échantillon biologique complexe, sa protéolyse limitée avec des protéases spécifiques de site, l'analyse des peptides résultants par chromatographie en phase inversée de haute performance à l'échelle nanométrique-(tandem) spectrométrie de masse (nanoRP-HPLC-MS et MS/MS), identification des protéines par recherche dans des bases de données de séquences et analyse quantitative basée sur des peptides. Les étapes les plus critiques de ce flux de travail sont la reconstitution et la digestion des protéines; par conséquent, les détergents et les agents chaotropes sont fortement nécessaires pour garantir la solubilisation complète des isolats protéiques complexes et pour assurer l'accessibilité de tous les sites de clivage des protéases. Cependant, les détergents sont incompatibles avec à la fois la séparation RP et l'ionisation par électrospray (ESI). Ainsi, pour rendre l'analyse LC-MS possible, plusieurs stratégies ont été mises en œuvre dans le flux de travail de protéomique shotgun. Ces techniques reposent soit sur une digestion enzymatique dans des filtres centrifuges avec évacuation subséquente du détergent, soit sur l'emploi de tensioactifs compatibles avec la MS, qui peuvent être dégradés lors de la digestion. Dans cette revue, nous abordons de manière exhaustive toutes les stratégies actuellement disponibles pour la protéolyse assistée par détergent en ce qui concerne leur efficacité relative lorsqu'elles sont appliquées à différentes matrices biologiques. Nous discutons de manière critique des progrès actuels et des perspectives futures de ces technologies dans le contexte de leurs avancées et de leurs lacunes.