Caracterización del paisaje de expresión génica específica del alelo en leucemia linfoblástica aguda hiperdiploide alta con BASE

Resumen Las variaciones somáticas en el número de copias (CNVs), que incluyen números anormales de cromosomas y cambios estructurales que conducen a la ganancia o pérdida de material genético, desempeñan un papel crucial en la iniciación y progresión del cáncer. Se cree que las CNVs causan desequilibrios en la dosis del gen y modifican elementos cis-reguladores, lo que conduce a desequilibrios de expresión alélica en genes que influyen en la división celular y, por lo tanto, contribuyen al desarrollo del cáncer. Sin embargo, el impacto de las CNVs en la expresión génica alélica en el cáncer sigue siendo incierto. El análisis de expresión específica de alelos (ASE), un método potente para investigar perfiles de desequilibrio alélico a nivel del genoma en tumores, evalúa la expresión relativa de dos alelos utilizando datos de secuenciación de alto rendimiento. Sin embargo, muchos métodos existentes para la detección de ASE a nivel de gen dependen únicamente de datos de secuenciación de ARN, lo que presenta desafíos para interpretar los mecanismos genéticos subyacentes del ASE en el cáncer. Para abordar este problema, desarrollamos un marco robusto que integra las llamadas de número de copias específicas de alelo en los algoritmos de llamada de ASE aprovechando datos de genoma y transcriptoma emparejados de la misma muestra. Esta integración mejora la interpretabilidad de los mecanismos genéticos que impulsan el ASE, facilitando así la identificación de eventos impulsores provocados por CNVs en el cáncer. En este estudio, utilizamos BASE para llevar a cabo un análisis exhaustivo de ASE en leucemia linfoblástica aguda hiperdiploide alta (HeH ALL), una malignidad infantil prevalente caracterizada por ganancias de los cromosomas X, 4, 6, 10, 14, 17, 18 y 21. Nuestro análisis reveló el paisaje exhaustivo de ASE en HeH ALL. A través de un examen multi-perspectiva de los ASE de HeH, ofrecemos una comprensión sistemática de cómo las CNVs impactan el ASE en HeH, brindando valiosos insights para guiar los estudios de ASE en cáncer.