Investigación de brotes asistida por secuenciación de genoma completo de Salmonella Enteritidis, en un hospital en Sudáfrica, septiembre de 2022

Las autoridades de salud fueron notificadas de un brote sospechoso de enfermedad transmitida por alimentos en un hospital en Sudáfrica, donde el personal y los pacientes reportaron un inicio agudo de calambres abdominales, diarrea, fiebre y escalofríos después de comer un plato de pasta con pollo. El objetivo de este informe es discutir el uso de análisis de secuenciación de genoma completo (WGS) de aislamientos bacterianos para apoyar una investigación epidemiológica. Se realizó una investigación epidemiológica liderada por el Gerente de Control de Infecciones del hospital y respaldada por un equipo de respuesta a brotes. Se utilizaron procedimientos microbiológicos estándar para procesar muestras de heces y cultivar/identificar patógenos diarreicos. Se investigaron cultivos bacterianos utilizando WGS realizado con tecnología Illumina NextSeq, y los datos de WGS fueron analizados utilizando múltiples herramientas bioinformáticas, incluidas las disponibles en el Centro de Epidemiología Genómica y EnteroBase. Se utilizó la tipificación de secuencias multilocus del genoma central (cgMLST) para investigar la filogenia de los aislamientos. Se identificaron cuarenta y nueve casos, con muestras de heces recolectadas de 21 casos, y se aisló Salmonella no tifoidea de 19/21 (90%) de las muestras. Todos los aislamientos fueron identificados como Salmonella enterica serovar Enteritidis y diferían entre sí por ≤2 diferencias de alelos en cgMLST, lo que indica que los aislamientos están altamente relacionados genéticamente. Los retrasos en las pruebas de muestras de retención de alimentos hicieron que los resultados negativos de las pruebas tuvieran un valor limitado. Se llevó a cabo un estudio de casos y controles; comer pasta de pollo estaba fuertemente asociado con el desarrollo de gastroenteritis (OR=15.4, prueba de Chi-Cuadrado con corrección de Yates p-valor = 0.02). La evidencia epidemiológica sugiere que la pasta de pollo fue el vehículo probable de transmisión en este brote, aunque la fuente de Salmonella enterica serovar Enteritidis sigue siendo desconocida.