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Las autoridades de salud fueron notificadas de un brote sospechoso de enfermedad transmitida por alimentos en un hospital en Sudáfrica, donde el personal y los pacientes informaron sobre el inicio agudo de calambres abdominales, diarrea, fiebre y escalofríos tras consumir un plato de pasta con pollo. El objetivo de este informe es discutir el uso del análisis de secuenciación de genoma completo (WGS) de aislados bacterianos para apoyar una investigación epidemiológica. Se llevó a cabo una investigación epidemiológica dirigida por el Gerente de Control de Infecciones del hospital, apoyada por un equipo de respuesta a brotes. Se utilizaron procedimientos microbiológicos estándar para procesar muestras de heces y cultivar/identificar patógenos diarreicos. Se investigaron cultivos bacterianos utilizando WGS realizado con tecnología Illumina NextSeq, y los datos de WGS se analizaron utilizando múltiples herramientas de bioinformática, incluidas las disponibles en el Centro de Epidemiología Genómica y EnteroBase. Se utilizó la tipificación por secuencia de multiclones de genoma central (cgMLST) para investigar la filogenia de los aislados. Se identificaron cuarenta y nueve casos, con muestras de heces recolectadas de 21 casos, y Salmonella no tifoidal aislada de 19/21 (90%) de las muestras. Todos los aislados fueron identificados como Salmonella enterica serovar Enteritidis y se diferenciaron entre sí por ≤2 diferencias de alelos en cgMLST, indicando que los aislados están altamente relacionados genéticamente. Retrasos en las pruebas de las muestras de retención de alimentos hicieron que los resultados negativos de las pruebas tuvieran un valor limitado. Se llevó a cabo un estudio de casos y controles; consumir pasta con pollo estuvo fuertemente asociado con el desarrollo de gastroenteritis (OR=15.4, prueba Chi-Cuadrado con corrección de Yates p-valor = 0.02). La evidencia epidemiológica sugiere que la pasta con pollo fue el posible vehículo de transmisión en este brote, aunque se desconoce la fuente de Salmonella enterica serovar Enteritidis.
Brümmer et al. (Vie,) estudiaron esta cuestión.