Desentrañando la diversidad genómica y la historia de admixtión de tigres cautivos en los Estados Unidos

Los estudios genómicos de especies en peligro de extinción se han centrado principalmente en describir patrones de diversidad y resolver relaciones filogenéticas, con el objetivo general de informar esfuerzos de conservación. Sin embargo, pocos estudios han investigado la diversidad genómica en poblaciones cautivas. Para los tigres (Panthera tigris), los individuos cautivos superan con creces a los que están en la naturaleza, pero su diversidad sigue siendo en gran parte inexplorada. Las poblaciones de tigres cautivos de propiedad privada han permanecido como un enigma en la comunidad de conservación, con algunos creyendo que estos individuos están severamente endogámicos, mientras que otros creen que pueden ser una fuente de diversidad ahora extinta. Aquí, presentamos un estudio genético a gran escala de la población de tigres cautivos privados (no de zoológico) en los Estados Unidos, también conocidos como tigres “Genéricos”. Encontramos que la población de tigres Genéricos tiene una huella de admixtión que comprende las seis subespecies de tigres salvajes existentes. De los 138 individuos Genéricos secuenciados para el propósito de este estudio, ningún individuo tenía ascendencia de solo una subespecie. Mostramos que la población de tigres Genéricos tiene una cantidad comparable de diversidad genética en relación con la mayoría de las subespecies salvajes, pocas variantes privadas y menos mutaciones perjudiciales. Observamos coeficientes de endogamia similares a los de las poblaciones salvajes, aunque hay algunos individuos dentro de las poblaciones Genéricas y salvajes que están sustancialmente endogámicos. Además, desarrollamos un panel de referencia para tigres que puede ser utilizado con imputación para distinguir con precisión a los individuos y asignar ascendencia con datos de cobertura ultrabaja (0.25×). Al proporcionar una alternativa rentable a la secuenciación de genoma completo (WGS), el panel de referencia ofrece un recurso para ayudar en los esfuerzos de conservación de tigres tanto para poblaciones ex situ como in situ.