Contextualizando muestras: apoyando los genomas de referencia de la biodiversidad europea a través de la colección de muestras y metadatos asociados

Resumen El consorcio del Atlas de Genomas de Referencia Europeo (ERGA) tiene como objetivo generar un catálogo de genomas de referencia para toda la biodiversidad eucariota de Europa. El material biológico que fundamenta esta misión, los especímenes y sus muestras derivadas, se proporciona a través de la red paneuropea de ERGA. Para demostrar la capacidad y capacidad de la comunidad para realizar la ambiciosa misión de ERGA, se inició el proyecto Piloto de ERGA. En apoyo al esfuerzo del Piloto de ERGA para generar genomas de referencia para la biodiversidad europea, se formó el comité de Muestreo y Procesamiento de Muestras de ERGA (SSP) compuesto por expertos voluntarios de la base de miembros de ERGA. SSP tiene como objetivo ayudar a los investigadores participantes mediante (i) el establecimiento de estándares y la recolección de metadatos de muestras/especímenes; (ii) la priorización de especies para secuenciación de genomas; y (iii) el desarrollo de directrices específicas de recolección de taxones, incluyendo apoyo logístico. SSP sirve como punto de entrada para los proveedores de muestras a la infraestructura de producción de recursos genómicos de ERGA y garantiza que se mantengan los altos estándares de calidad de ERGA durante la recolección y procesamiento de muestras. Con el volumen de investigadores, proyectos, consorcios y organizaciones interesados en recursos genómicos en expansión, este manuscrito comparte experiencias importantes y lecciones aprendidas durante el desarrollo de procedimientos operativos estandarizados y apoyo a proveedores de muestras. El manuscrito detalla nuestras experiencias en la incorporación de los principios FAIR y CARE, la priorización de especies y el desarrollo de flujos de trabajo, que podrían ser útiles tanto para individuos como para otras iniciativas.