Redes Celulares Espaciales a partir de datos ómicos con SpaCeNet

Los avances en tecnologías ómicas han permitido el perfilado molecular espacialmente resuelto de células individuales, proporcionando una ventana no solo hacia la diversidad y distribución de tipos celulares dentro de un tejido, sino también hacia los efectos de las interacciones entre células en la configuración del paisaje transcripcional. Las células envían señales químicas y mecánicas que son recibidas por otras células, donde pueden posteriormente iniciar respuestas regulatorias génicas específicas del contexto. Estas interacciones y sus respuestas moldean el fenotipo molecular individual de una célula en un microambiente dado. Los ARNs o proteínas medidos en células individuales, junto con la distribución espacial de las células, proporcionan información invaluable sobre estos mecanismos y la regulación de genes más allá de los procesos que ocurren de manera independiente en cada célula individual. “SpaCeNet” es un método diseñado para elucidar tanto las redes moleculares intracelulares (cómo las variables moleculares afectan entre sí dentro de la célula) como las redes moleculares intercelulares (cómo las células afectan las variables moleculares de sus vecinas). Esto se logra estimando relaciones de independencia condicional (CI) entre las variables capturadas dentro de células individuales y desenredando estas de las relaciones CI entre variables de diferentes células.