Métodos optimizados para obtener datos de scRNA-seq y snRNA-seq de músculo esquelético almacenado en conservante estabilizador de ácido nucleico

Resumen Los estudios de células individuales han transformado nuestra comprensión de la heterogeneidad celular en las enfermedades, pero la necesidad de material inicial fresco puede ser un obstáculo, especialmente en el contexto de estudios multicéntricos internacionales y tejido archivado. Desarrollamos un protocolo para obtener células y núcleos de alta calidad de músculo esquelético humano disecado archivado en el conservante Allprotect® Tissue Reagent (ATR). Después de que la microscopía de imagen fluorescente confirmara núcleos intactos, realizamos cuatro variaciones del protocolo que compararon métricas de secuenciación entre células y núcleos enriquecidos mediante filtrado o clasificación por citometría de flujo. Las células y núcleos (ya sea clasificados o filtrados) produjeron perfiles transcripcionales estadísticamente idénticos y recapitularon 8 tipos de células presentes en el músculo esquelético. La clasificación por citometría de flujo enriqueció con éxito células y núcleos de mayor calidad, pero resultó en una disminución general del material de entrada. Nuestro protocolo proporciona un recurso importante para obtener material genómico de células individuales de alta calidad de tejido archivado y para agilizar esfuerzos colaborativos globales.