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El desarrollo de protocolos para la extracción de ADN genómico (gDNA) de alto peso molecular (HMW) para especies no modelo es esencial para aprovechar al máximo las tecnologías de secuenciación de lectura larga con el fin de generar ensamblajes genómicos que puedan ayudar a responder preguntas complejas sobre estos organismos. Obtener suficiente gDNA HMW de alta calidad puede ser un desafío para estas especies, especialmente para tejidos ricos en polisacáridos, como la biomasa de especies dentro del género Botryococcus. Los protocolos existentes basados en la extracción de ADN por columnas y kits de lisis bioquímica pueden ser ineficientes y pueden no ser útiles debido a las variaciones en el contenido de polisacáridos de la biomasa. Desarrollamos un protocolo optimizado para la extracción eficiente de gDNA HMW de la biomasa de Botryococcus para su uso en tecnologías de secuenciación de lectura larga. El protocolo utilizó un paso de lavado inicial con sorbitol para eliminar polisacáridos y obtuvo concentraciones de gDNA HMW de hasta 220 ng/μL con alta pureza. Posteriormente, demostramos la idoneidad del gDNA HMW aislado con este protocolo para la secuenciación de lectura larga en la plataforma Oxford Nanopore PromethION para tres especies de Botryococcus. Nuestro protocolo puede utilizarse como estándar para la extracción eficiente de gDNA HMW en microalgas ricas en polisacáridos y puede ser adaptado para otras especies difíciles.
Cornejo-Corona et al. (miércoles) estudiaron esta cuestión.