El enriquecimiento en dos pasos facilita la reducción de fondo para el análisis proteómico de los lisosomas

Los lisosomas constituyen el principal compartimento degradativo de la mayoría de las células mamíferas y están involucrados en varias funciones celulares. La mayoría de ellas son catalizadas por proteínas lisosomales, que son típicamente de baja abundancia, lo que complica su análisis mediante proteómica basada en espectrometría de masas. Para aumentar el rendimiento analítico y permitir la profilación del contenido lisosomal, a menudo se enriquece los lisosomas. Dos enfoques han ganado popularidad en los últimos años, a saber, nanopartículas de óxido de hierro superparamagnético (SPIONs) e inmunoprecipitación de células que sobreexpresan una versión etiquetada con 3xHA de TMEM192 (TMEM-IP). El efecto de estos enfoques en el proteoma lisosomal no se ha investigado hasta la fecha. Abordamos este tema a través de una combinación de ambas técnicas y un análisis proteómico de las fracciones enriquecidas en lisosomas. Para el tratamiento con SPIONs, identificamos una alteración en la homeostasis del hierro celular y cambios moderados en el proteoma lisosomal. Para la sobreexpresión de TMEM192, observamos efectos más pronunciados en la expresión de proteínas lisosomales, especialmente para proteínas de membrana lisosomales y aquellas involucradas en el tráfico de proteínas. Además, establecimos una estrategia combinada basada en el enriquecimiento secuencial de lisosomas con SPIONs y TMEM-IP. Esto permitió aumentar la pureza de las fracciones enriquecidas en lisosomas y, a través del enriquecimiento lisosomal basado en TMEM-IP de las fracciones de flujo y eluido de SPIONs, proporcionar información adicional sobre las propiedades de los enfoques individuales. Todos los datos están disponibles a través de ProteomeXchange con PXD048696.