El panorama de la pandemia de COVID-19 en Polonia a partir de datos epidemiológicos y genómicos

Resumen La pandemia de COVID-19 ha afectado profundamente todos los aspectos de nuestras vidas. A través del monitoreo en tiempo real y la implementación rápida de la vacuna, hemos logrado suprimir la propagación de la enfermedad y mitigar sus consecuencias. Finalmente, las conclusiones pueden ser resumidas y extraídas. Aquí, utilizamos el ejemplo de Polonia, que fue seriamente afectada por la pandemia. En comparación con otros países, Polonia no ha conseguido resultados impresionantes ni en pruebas ni en vacunación, lo que podría explicar su alta mortalidad (tasa de letalidad, CFR 1.94%). A través de un análisis retrospectivo de datos recopilados por el Portal de Datos COVID-19 de Polonia, encontramos diferencias regionales significativas en el número de pruebas realizadas, número de casos detectados, número de muertes relacionadas con COVID-19 y tasas de vacunación. Los voivodatos de Mazovia, Gran Polonia y Pomerania, los líderes del país en vacunación, reportaron un alto número de casos pero bajas tasas de mortalidad. En contraste, los voivodatos en las partes oriental y sur de Polonia (Subcarpacia, Podlasia, Lublin, Opole), que documentaron bajos niveles de vacunación y bajo número de casos, tuvieron tasas de mortalidad relacionadas con COVID-19 más altas. La fuerte correlación negativa entre la CFR y el porcentaje de la población vacunada en Polonia apoya la validez de la vacunación. Para obtener información sobre la evolución del virus, secuenciamos más de 500 genomas y analizamos casi 80 mil secuencias del genoma de SARS-CoV-2 depositadas en GISAID por centros de diagnóstico polacos. Mostramos que la distribución del variante de SARS-CoV-2 a lo largo del tiempo en Polonia reflejó la de Europa. El análisis de la red de haplotipos nos permitió seguir las rutas de transmisión del virus e identificar posibles superpropagadores en cada ola de la pandemia.