Cálculos automatizados adaptativos de energía libre de unión absoluta

Los cálculos de energía libre de unión absoluta alquímica (ABFE) tienen un potencial considerable en el descubrimiento de fármacos, pero a menudo son prohibitivamente costosos en términos computacionales. Para desbloquear su potencial, se requieren flujos de trabajo ABFE automatizados y eficientes para reducir tanto el costo computacional como la intervención humana. Presentamos un flujo de trabajo ABFE totalmente automatizado basado en la selección automatizada de ventanas λ, la detección de equilibración basada en conjuntos y la asignación adaptativa del tiempo de muestreo basada en estadísticas entre réplicas. Encontramos que la selección automatizada de estados intermedios con superposición consistente es rápida, robusta y simple de implementar. Se logra una detección robusta de equilibración con una prueba t pareada entre las estimaciones de energía libre en las porciones inicial y final de un conjunto de ejecuciones. Determinamos parámetros predeterminados razonables para todos los algoritmos y mostramos que el flujo de trabajo completo produce resultados equivalentes a un esquema no adaptativo en una variedad de sistemas de prueba, aunque a menudo acelera la equilibración. Nuestro flujo de trabajo completo se implementa en el paquete de código abierto A3FE (https://github.com/michellab/a3fe).