JCVI: Un conjunto de herramientas versátil para el análisis de genómica comparativa

Resumen El ciclo de vida de las construcciones genómicas abarca pilares interconectados de ensamblaje, anotación y genómica comparativa para impulsar descubrimientos biológicos. Si bien existen herramientas para abordar cada pilar por separado, hay una necesidad creciente de herramientas que integren diferentes pilares de un proyecto genómico de manera holística. Por ejemplo, los enfoques comparativos pueden proporcionar control de calidad del ensamblaje o la anotación; el ensamblaje genómico, a su vez, puede ayudar a identificar artefactos que pueden complicar la interpretación de comparaciones genómicas. La biblioteca JCVI es una biblioteca versátil basada en Python que ofrece un conjunto de herramientas que sobresalen en estos pilares. Con un diseño modular, la biblioteca JCVI proporciona utilidades de alto nivel para tareas como el análisis de formatos, la generación de gráficos y la manipulación de ensamblajes y anotaciones genómicas. Algoritmos de genómica como MCscan y ALLMAPS son ampliamente utilizados en la creación de versiones de genoma, produciendo figuras listas para publicación para la evaluación de calidad y la inferencia evolutiva. Desarrollada y mantenida de manera colaborativa, la biblioteca JCVI enfatiza la calidad y la reutilización.