La microbiota de esputo altamente diversa se correlaciona con la gravedad de la enfermedad en pacientes con neumonía adquirida en la comunidad: un estudio de cohorte longitudinal

Resumen Antecedentes La neumonía adquirida en la comunidad (NAC) es una condición común y grave que puede ser causada por una variedad de patógenos. Sin embargo, todavía queda mucho por conocer sobre cómo estos patógenos interactúan con los comensales respiratorios inferiores y si existe alguna correlación entre la disbiosis de la microbiota respiratoria inferior y la gravedad de la enfermedad y el pronóstico. Métodos Realizamos un estudio de cohorte retrospectivo para investigar la composición y dinámica de la microbiota de esputo en pacientes diagnosticados con NAC. En total, se recolectaron 917 muestras de esputo de manera consecutiva de 350 pacientes hospitalizados con NAC inscritos en seis hospitales tras su admisión. La región V3-V4 del gen 16 S rRNA fue secuenciada. Resultados La microbiota de esputo en el 71% de las muestras estaba compuesta predominantemente por comensales respiratorios. Por el contrario, el 15% de las muestras demostraron dominio por cinco patógenos oportunistas. Además, el 5% de las muestras exhibieron esterilidad, pareciendo la composición de controles negativos. En comparación con los pacientes con NAC no severa, los casos severos mostraron una microbiota de esputo más alterada, caracterizada por la presencia altamente dominante de patógenos potenciales, una mayor desviación de un estado saludable, alteraciones más significativas durante la hospitalización y interacciones bacterianas más escasas. La microbiota de esputo al ingreso mostró una predicción moderada de la gravedad de la enfermedad (AUC = 0.74). Además, diferentes infecciones patogénicas se asociaron con alteraciones específicas de la microbiota. Acinetobacter y Pseudomonas fueron más abundantes en infecciones por influenza A, y Acinetobacter también estuvo enriquecido en infecciones por Klebsiella pneumoniae. Conclusión En conjunto, nuestro estudio demostró que la neumonía puede no correlacionarse consistentemente con una disbiosis severa de la microbiota respiratoria. En su lugar, el grado de disbiosis de la microbiota se correlacionó con la gravedad de la enfermedad en pacientes con NAC.