Una encuesta de variantes BWT para colecciones de cadenas

En los últimos años, el enfoque de la investigación en bioinformática se ha trasladado de secuencias individuales a colecciones de secuencias. Dado el papel fundamental de la Transformada de Burrows-Wheeler (BWT) en el procesamiento de cadenas, se han desarrollado varias herramientas dedicadas para calcular la BWT de colecciones de cadenas. Si bien el enfoque ha estado en mejorar la eficiencia, tanto en espacio como en tiempo, la definición exacta de la BWT empleada no ha estado en el centro de atención. Como mostramos en este artículo, las diferentes herramientas en uso a menudo calculan variantes BWT no equivalentes: las transformaciones resultantes pueden diferir significativamente entre sí, incluyendo el número r de ejecuciones, un parámetro central de la BWT. Además, con muchas herramientas, la transformación depende del orden de entrada de la colección. En otras palabras, con el mismo conjunto de datos, la misma herramienta puede generar diferentes transformaciones si el conjunto se presenta en un orden diferente.