SynDesign: herramienta de diseño y evaluación de ARN guía de edición prime basada en la web para edición del genoma por saturación

Resumen La edición del genoma por saturación (SGE) permite una evaluación funcional en profundidad de los genes y variantes asociados a enfermedades al generar todas las posibles variantes de nucleótido único (SNVs) dentro de una región codificante determinada. Aunque la edición prime se puede emplear para inducir estas SNVs, diseñar ARN guía de edición prime eficientes (pegARNs) puede ser un desafío y requerir mucho tiempo. Aquí, presentamos SynDesign, una herramienta web fácil de usar para el diseño, evaluación y construcción de bibliotecas de pegARN precisos para SGE con marcadores de mutación sinónimos. SynDesign ofrece una interfaz simple pero poderosa que automatiza la generación de todos los diseños de pegARN factibles para un gen o variante objetivo de interés. Los pegARNs se seleccionan utilizando modelos de última generación para predecir las eficiencias de edición prime para varios editores prime y tipos celulares. Los diseños de pegARN con mejor puntuación se mejoran aún más utilizando marcadores de mutación sinónimos que aumentan la eficiencia del pegARN al difundir el mecanismo de reparación de desajustes celulares y sirven como marcadores de secuencia para mejorar la identificación de ediciones planificadas tras una secuenciación profunda. Se espera que SynDesign facilite la investigación futura utilizando SGE para investigar genes o variantes de interés asociadas con enfermedades humanas. SynDesign está disponible de forma gratuita en https://deepcrispr.info/SynDesign sin necesidad de un proceso de inicio de sesión.