MutationExplorer: un servidor web para la mutación de proteínas y la visualización 3D de impactos energéticos

Los posibles efectos de las mutaciones sobre la estabilidad y la función de una proteína solo pueden entenderse en el contexto de la estructura 3D de la proteína. El servidor web MutationExplorer mapea los cambios de secuencia en las estructuras proteicas y permite a los usuarios estudiar la variación introduciendo cambios de secuencia. A medida que el usuario introduce variantes, el modelo 3D evoluciona y se destacan los cambios estimados en energía. Además de un formato básico de entrada por residuo, MutationExplorer también puede cargar una secuencia de reemplazo completa. Previamente, el ámbito de las aplicaciones de escritorio, tal carga puede retroceder las estructuras PDB a la secuencia tipo salvaje en un solo paso. Otra fuente de variación soportada son los polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs), coordenadas genómicas ingresadas en formato VCF. Las estructuras se pueden colorear de manera flexible, no solo por diferencias energéticas, sino también por hidrofobicidad, conservación de secuencia u otro perfil bioquímico. Colorear según la puntuación de interfaz revela los impactos de la mutación en las superficies de unión. MutationExplorer se esfuerza por la eficiencia en la experiencia del usuario. Por ejemplo, hemos preparado 45,000 depósitos de PDB para recuperación instantánea y visualización inicial. Todos los pasos de modelado son realizados por Rosetta. Las visualizaciones aprovechan MDsrv/Mol*. MutationExplorer está disponible en: http://proteinformatics.org/mutationexplorer/.