Métodos emergentes para la modelización metabólica a escala genómica de comunidades microbianas

Los modelos metabólicos a escala genómica (GEMs) se están consolidando como plataformas para estudiar poblaciones microbianas mixtas, combinando datos biológicos y conocimiento con rigor matemático. Sin embargo, implementar estos modelos para responder preguntas de investigación puede ser un desafío debido al creciente número de herramientas computacionales disponibles, la falta de estándares universales y sus limitaciones inherentes. Aquí, presentamos una visión general completa de los conceptos fundamentales para construir y evaluar modelos a escala genómica de comunidades microbianas. A continuación, comparamos las herramientas en términos de requisitos, capacidades y aplicaciones. Luego, destacamos las trampas actuales y los desafíos abiertos a considerar al adoptar herramientas existentes y desarrollar nuevas. Nuestro compendio puede ser relevante para la comunidad en expansión de modeladores, tanto en niveles iniciales como experimentados.