Severus: detección y caracterización precisa de la variación estructural somática en genomas tumorales utilizando lecturas largas

Resumen La mayoría de los estudios actuales se basan en la secuenciación de lecturas cortas para detectar variaciones estructurales somáticas (SV) en genomas de cáncer. La secuenciación de lecturas largas ofrece la ventaja de una mejor mapeabilidad y una fase a larga distancia, lo que resulta en mejoras sustanciales en la detección de SV germinales. Sin embargo, los métodos actuales de detección de SV de lecturas largas no se generalizan bien para el análisis de SV somáticos en genomas tumorales con reordenamientos complejos, heterogeneidad y aneuploidía. Aquí, presentamos Severus: un método para la detección precisa de diferentes tipos de SV somáticos utilizando un enfoque de gráfico de puntos de ruptura en fase. Para evaluar varios métodos de detección de SV de lecturas cortas y largas, secuenciamos cinco pares de líneas celulares tumorales/normales con plataformas de secuenciación Illumina, Nanopore y PacBio; en esta evaluación, Severus mostró los más altos puntajes F1 (media armónica de la precisión y el recall) en comparación con los métodos de lecturas largas y cortas. Luego aplicamos Severus a tres casos clínicos de cáncer pediátrico, demostrando concordancia con hallazgos genéticos conocidos, así como revelando reordenamientos crípticos clínicamente relevantes que fueron pasados por alto por los paneles genómicos estándar.