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La secuenciación metagenómica ha demostrado ser una herramienta poderosa en el monitoreo de la resistencia a los antimicrobianos (RAM). Aquí, proporcionamos un análisis comparativo del resistoma de cerdos, aves de corral, terneros, pavos y truchas arcoíris, para un total de 538 ganados en nueve países europeos. Calculamos los efectos de las prácticas de gestión por explotación y el uso de antimicrobianos (UA) en el resistoma en cerdos, pollos de engorde y terneros. También proporcionamos un estudio en profundidad sobre las asociaciones entre la diversidad bacteriana, la diversidad del resistoma y las abundancias de RAM, así como un análisis de co-ocurrencia de taxones bacterianos y genes de resistencia a los antimicrobianos (ARGs) y la universalidad de estos últimos. Los resistomas de los terneros y cerdos se agruparon juntos, al igual que los de origen aviar, mientras que el resistoma de la trucha arcoíris fue diferente. Además, identificamos resistomas centrales claros para cada especie animal productora de alimentos específica. Identificamos asociaciones positivas entre la diversidad alfa bacteriana y tanto la diversidad alfa del resistoma como su abundancia. Los análisis de red revelaron muy pocas asociaciones taxón-ARG en cerdos, pero un gran número para las especies aviares. Utilizando bases de datos de referencia actualizadas y bioinformática optimizada, se validaron asociaciones significativas previamente reportadas entre UA, bioseguridad y RAM en granjas de cerdos y aves de corral. La UA es un importante impulsor de la RAM; sin embargo, nuestros análisis integrados sugieren que los factores que contribuyen a una mayor diversidad bacteriana también podrían estar asociados con una mayor carga de RAM. También encontramos que las limitaciones de dispersión de los ARG están moldeando los resistomas ganaderos, y los esfuerzos futuros para combatir la RAM deberían seguir enfatizando las medidas de bioseguridad.IMPORTANCIA Entender la ocurrencia, diversidad y factores impulsores de la resistencia a los antimicrobianos (RAM) es importante para centrar los esfuerzos futuros de control. Hasta ahora, casi todos los intentos de limitar la RAM en la ganadería han abordado el consumo de antimicrobianos. Aquí realizamos un análisis integrado de los resistomas de cinco poblaciones de animales de granja importantes en Europa, encontrando que el resistoma y los niveles de RAM también están influenciados por factores relacionados con la diversidad bacteriana, así como las limitaciones de dispersión. Por lo tanto, futuros estudios e intervenciones destinados a reducir la RAM no solo deberían abordar el uso de antimicrobianos, sino también considerar otros factores epidemiológicos y ecológicos.
Munk et al. (Tue,) estudiaron esta cuestión.