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El objetivo de este protocolo es la cuantificación digital de la PCR de gotas (ddPCR) de los objetivos de ARN utilizando conjuntos de cebadores y sondas. La transcripción inversa y la amplificación se llevan a cabo en un solo paso, utilizando el kit avanzado One Step RT-ddPCR para sondas (Bio-Rad). Este protocolo está optimizado para el análisis de muestras de ARN ambiental (eRNA) (matrices de agua, sedimento, biopelículas y suelo) y luego para objetivos de ADN raros. La ddPCR se puede realizar utilizando un sistema de lectura de gotas QX600 o QX200 (Bio-Rad), y este protocolo comienza después del paso de extracción de ARN y termina con la lectura de gotas. Se pueden dirigir múltiples objetivos de eRNA de manera específica utilizando múltiples conjuntos de cebadores y sondas que son compatibles. Las ventajas de usar la ddPCR son: la cuantificación absoluta, la sensibilidad, la eficiencia y la especificidad del método para la cuantificación de objetivos de ARN.
Vautier et al. (Jue,) estudiaron esta cuestión.