Mapeo de interacciones no covalentes entre péptidos nativos: Información a partir de espectrometría de movilidad iónica atrapada, fragmentación por electrones y UV, espectrometría de masas en tándem y dinámicas moleculares

Las interacciones no covalentes juegan un papel importante en la forma en que se estabilizan las estructuras de proteínas y las interacciones proteína-proteína. Mapear estas interacciones a nivel molecular es crucial ya que los complejos de péptidos sirven como modelos para interfaces proteína-proteína. En este trabajo, se aplicaron análisis complementarios utilizando espectrometría de movilidad iónica atrapada (TIMS), fragmentación por ECD/UVPD en tándem y dinámicas moleculares al estudio de complejos de péptidos nativos. En particular, se describieron tres complejos que representan interacciones intramoleculares de péptidos-péptidos de la proteína de grupo de alta movilidad intrínsecamente desordenada AT-Hook2 (HMGA2). Los péptidos AT-hook, cuando están complejados con la cola C-terminal (CTMP), mostraron una mayor estabilidad en fase gas para ATHP1-CTMP, seguido de ATHP2-CTMP y ATHP3-CTMP. Se obtuvo una alta cobertura de secuencia utilizando fragmentación por ECD y UVPD para los péptidos individuales (~100%) y los complejos de péptidos-péptidos (~75%). Al menos tres estructuras de péptidos-péptidos fueron separadas en el dominio de movilidad para los complejos ATHP-CTMP. Todos los tres complejos mostraron alta diversidad estructural y la posibilidad de ser alineados en orientaciones hacia adelante y hacia atrás.