TISCH: un recurso web integral que permite la visualización interactiva del transcriptoma de células individuales en el microambiente tumoral

Resumen La inmunoterapia contra el cáncer que tiene como objetivo las vías co-inhibitoras mediante el bloqueo de puntos de control muestra una eficacia notable en una variedad de tipos de cáncer. Sin embargo, solo una minoría de pacientes responde al tratamiento debido a la heterogeneidad estocástica del microambiente tumoral (TME). Los avances recientes en las tecnologías de secuenciación de ARN de célula única han permitido la caracterización exhaustiva de la heterogeneidad del sistema inmunológico en los tumores, pero han planteado desafíos computacionales para integrar y utilizar los enormes conjuntos de datos publicados para informar sobre la inmunoterapia. Aquí presentamos Tumor Immune Single Cell Hub (TISCH, http://tisch.comp-genomics.org), una base de datos curada a gran escala que integra perfiles transcriptómicos de célula única de casi 2 millones de células de 76 conjuntos de datos tumorales de alta calidad en 27 tipos de cáncer. Todos los datos fueron procesados uniformemente con un flujo de trabajo estandarizado, que incluye control de calidad, eliminación de efectos por lotes, agrupamiento, anotación de tipos celulares, clasificación de células malignas, análisis de expresión diferencial y análisis de enriquecimiento funcional. TISCH proporciona visualización interactiva de la expresión génica a través de múltiples conjuntos de datos a nivel de célula única o a nivel de grupo, permitiendo una comparación sistemática entre diferentes tipos celulares, pacientes, orígenes tisulares, grupos de tratamiento y respuesta, e incluso diferentes tipos de cáncer. En resumen, TISCH proporciona una interfaz fácil de usar para visualizar, buscar y descargar sistemáticamente el atlas de expresión génica en el TME de múltiples tipos de cáncer, permitiendo una exploración rápida, flexible y completa del TME.