GMrepo: una base de datos de metagenomas humanos del intestino curados y anotados de manera consistente

GMrepo (repositorio de datos para el microbiota intestinal) es una base de datos de metagenomas humanos del intestino curados y anotados de manera consistente. Su propósito principal es facilitar la reutilización y accesibilidad de los datos metagenómicos humanos en rápida expansión. Esto se logra mediante la anotación consistente del contenido microbiano de las muestras recolectadas utilizando conjuntos de herramientas de última generación y mediante la curaduría manual de los metadatos de los correspondientes hospedadores humanos. GMrepo organiza las muestras recolectadas de acuerdo con sus fenotipos asociados e incluye todos los metadatos relacionados posibles, como edad, sexo, país, índice de masa corporal (IMC) y uso reciente de antibióticos. Para facilitar el acceso a información relevante, GMrepo está equipado con un generador gráfico de consultas, que permite a los usuarios realizar consultas personalizadas, complejas y biológicamente relevantes. Por ejemplo, para encontrar (1) muestras de individuos sanos de 18 a 25 años con IMCs entre 18.5 y 24.9, o (2) proyectos relacionados con neoplasias colorrectales, cada uno de los cuales contenga más de 100 muestras y tanto pacientes como controles sanos. Las abundancias relativas de especies/géneros precomputadas, la prevalencia dentro y entre fenotipos, y la información de coocurrencia pareja están disponibles en el sitio web y accesibles a través de interfaces programables. Hasta ahora, GMrepo contiene 58,903 muestras/corridas del intestino humano (incluyendo 17,618 metagenomas y 41,285 amplicones) de 253 proyectos relacionados con 92 fenotipos. GMrepo está disponible gratuitamente en: https://gmrepo.humangut.info.