El superficie celular humano, integral para la comunicación celular y mecanismos de enfermedad, presenta un objetivo principal para la intervención terapéutica. El diseño de unidores de proteínas de novo contra estas proteínas de superficie celular ofrece una estrategia prometedora pero poco explorada para el desarrollo de fármacos. Sin embargo, el vasto espacio de búsqueda y la limitada información sobre unidores naturales o competitivos han limitado históricamente el éxito experimental. En este estudio, analizamos sistemáticamente todo el superficie celular humano, identificando aproximadamente 4,500 sitios seleccionables e introduciendo semillas de unión potenciales para iniciar aplicaciones de diseño de proteínas. Para validar estas semillas, implementamos dos enfoques experimentales (estructuración de proteínas y ciclado de péptidos) en tres objetivos representativos (FGFR2, IFNAR2 y HER3). Nuestros resultados revelaron una alta tasa de éxito, mostrando que las semillas proporcionan puntos de partida valiosos para el diseño de unidores contra nuestros sitios seleccionables identificados, así como la necesidad de constantes mejoras en los pipelines de diseño de proteínas computacionales utilizando métodos de aprendizaje automático y basados en física. Además, presentamos SURFACE-Bind, una base de datos interactiva que ofrece acceso abierto a todos los datos generados. Los métodos de diseño computacional de alta capacidad y las semillas de unidoras específicas establecidas aquí allanan el camino para una nueva generación de terapias dirigidas para el superficie celular humano.
Balbi et al. (Mié,) estudiaron esta cuestión.