Resumen La Hi-C de células individuales (scHi-C) proporciona una visión sin precedentes sobre la organización tridimensional del genoma, pero sus datos dispersos y ruidosos presentan desafíos para detectar con precisión los compartimentos A/B, que son cruciales para entender la estructura de la cromatina y la regulación génica. Presentamos scDIAGRAM, un método basado en datos para anotar compartimentos A/B en células individuales utilizando modelado estadístico directo y detección de comunidades gráficas. A diferencia de los enfoques existentes, scDIAGRAM infiere compartimentos de cromatina directamente de la matriz scHi-C individual sin imputación ni características externas de referencia, y posteriormente asigna etiquetas A/B utilizando anotaciones genómicas convencionales. La precisión y robustez de scDIAGRAM se ilustraron a través de conjuntos de datos simulados de scHi-C y una línea celular humana. Aplicamos scDIAGRAM a conjuntos de datos reales de scHi-C del córtex cerebral de ratón, el desarrollo embrionario de ratón y la leucemia mieloide aguda humana, demostrando su capacidad para capturar cambios de compartimentos asociados con variaciones transcripcionales. Este marco robusto ofrece nuevas perspectivas sobre los roles funcionales de los compartimentos de cromatina a resolución de célula única en diversos contextos biológicos.
Peng et al. (Wed,) estudiaron esta pregunta.