Ch IP ‐Atlas: una suite de minería de datos impulsada por la integración completa de datos públicos de Ch IP ‐seq

Hemos integrado completamente los datos públicos de secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina (ChIP-seq) y DNase-seq (n > 70,000) derivados de seis organismos modelo representativos (humano, ratón, rata, mosca de la fruta, nematodo y levadura de gemación), y hemos ideado una plataforma de minería de datos designada como ChIP-Atlas (http://chip-atlas.org). ChIP-Atlas es capaz de mostrar los resultados de alineación y detección de picos para todos los datos públicos de ChIP-seq y DNase-seq archivados en el Archivo de Lectura de Secuencias del NCBI (SRA), que abarca datos derivados de GEO, ArrayExpress, DDBJ, ENCODE, Roadmap Epigenomics y la literatura científica. Todos los datos de detección de picos están integrados para visualizar múltiples modificaciones de histonas y sitios de unión de reguladores transcripcionales (TRs) en loci genómicos determinados. Los datos integrados pueden ser analizados más a fondo para mostrar interacciones TR-gén y TR-TR, así como para examinar el enriquecimiento de unión de proteínas para coordenadas genómicas múltiples o nombres de genes dados. ChIP-Atlas es superior a otras plataformas en términos de número de datos y funcionalidad para la minería de datos a través de miles de experimentos de ChIP-seq, y proporciona información sobre redes regulatorias genéticas y mecanismos epigenéticos.