HiC-Pro: una tubería optimizada y flexible para el procesamiento de datos Hi-C

HiC-Pro es una tubería optimizada y flexible para procesar datos Hi-C desde lecturas en crudo hasta mapas de contacto normalizados. HiC-Pro mapea lecturas, detecta productos de ligación válidos, realiza controles de calidad y genera mapas de contacto intra e inter-cromosómicos. Incluye una implementación rápida del método de corrección iterativa y se basa en un formato de datos eficiente en memoria para mapas de contacto Hi-C. Además, HiC-Pro puede usar datos genotípicos en fases para construir mapas de contacto específicos de alelos. Aplicamos HiC-Pro a diferentes conjuntos de datos Hi-C, demostrando su capacidad para procesar grandes datos de manera sencilla en un tiempo razonable. El código fuente y la documentación están disponibles en http://github.com/nservant/HiC-Pro.