WebGestalt 2019: herramienta de análisis de conjuntos de genes con interfaces y API renovadas

WebGestalt es una herramienta popular para la interpretación de listas de genes derivadas de estudios de -ómicas a gran escala. En la actualización de 2019, WebGestalt admite 12 organismos, 342 identificadores de genes y 155 175 categorías funcionales, así como bases de datos funcionales subidas por los usuarios. Para abordar la creciente y única necesidad de interpretación de datos de fosfoproteómica, hemos implementado análisis de conjuntos de sitios de fosforilación para identificar quinasas importantes a partir de datos de fosfoproteómica. Hemos rediseñado completamente las visualizaciones de resultados y las interfaces de usuario para mejorar la facilidad de uso y proporcionar múltiples tipos de figuras interactivas y listas para publicación. Para facilitar la comprensión de los resultados de enriquecimiento, hemos implementado dos métodos para reducir la redundancia entre los conjuntos de genes enriquecidos. Introdujimos una API web para que otras aplicaciones obtengan datos programáticamente del servidor WebGestalt o pasen datos a WebGestalt para su análisis. También encapsulamos el cálculo central en un paquete de R llamado WebGestaltR para que los usuarios realicen análisis localmente o en flujos de trabajo de terceros. WebGestalt se puede acceder libremente en http://www.webgestalt.org.