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La llegada del perfilado de accesibilidad del cromatina a nivel de una sola célula ha acelerado la capacidad para mapear paisajes regulatorios de genes, pero ha superado el desarrollo de software escalable para extraer rápidamente el significado biológico de estos datos. Aquí presentamos una suite de software para el análisis a nivel de una sola célula de la cromatina regulatoria en R (ArchR; https://www.archrproject.com/) que permite un análisis rápido y completo de los datos de accesibilidad del cromatina a nivel de una sola célula. ArchR proporciona una interfaz intuitiva y centrada en el usuario para análisis complejos a nivel de una sola célula, incluyendo la eliminación de dobles, agrupamiento de células individuales e identificación de tipos celulares, generación de conjuntos de picos unificados, identificación de trayectorias celulares, enlace de elementos de ADN a genes, huella de factores de transcripción, predicción del nivel de expresión de mRNA a partir de la accesibilidad de la cromatina e integración multi-ómica con secuenciación de RNA a nivel de una sola célula (scRNA-seq). Permitiendo el análisis de más de 1.2 millones de células individuales en menos de 8 horas en una laptop Unix estándar, ArchR es una suite de software integral para el análisis de accesibilidad de la cromatina a nivel de una sola célula que acelerará la comprensión de la regulación génica a la resolución de células individuales.
Granja et al. (Jue,) estudiaron esta cuestión.