Medición simultánea de la accesibilidad de la cromatina, la metilación del ADN y la fase de los nucleosomas en células individuales

Obtener información sobre los mecanismos regulatorios que subyacen a la variación transcripcional observada entre células individuales requiere el desarrollo de métodos que midan la organización de la cromatina en células individuales. Aquí adapté la secuenciación de Ocupación de Nucleosomas y Metiloma (NOMe-seq) para medir la accesibilidad de la cromatina y la metilación endógena del ADN en células individuales (scNOMe-seq). scNOMe-seq recuperó patrones característicos de accesibilidad y metilación del ADN en sitios hipersensibles a DNase (DHS). Una ventaja de scNOMe-seq es que las lecturas de secuenciación se muestrean de manera independiente de la medición de accesibilidad. Por lo tanto, scNOMe-seq controló la pérdida de fragmentos, lo que permitió la estimación directa de la fracción de DHS accesibles dentro de células individuales. Además, scNOMe-seq proporcionó una alta resolución de la accesibilidad de la cromatina dentro de loci individuales, lo que se aprovechó para detectar huellas de eventos de unión de CTCF y estimar las distancias promedio de fase de nucleosomas en células individuales. Por lo tanto, scNOMe-seq es adecuado para caracterizar la organización de la cromatina de células individuales en mezclas celulares heterogéneas.