La base de datos PRIDE y herramientas y recursos relacionados en 2019: mejorando el apoyo para la cuantificación de datos

La base de datos de Identificaciones de Proteómica (PRIDE) (https://www.ebi.ac.uk/pride/) es el repositorio de datos más grande del mundo de datos de proteómica basados en espectrometría de masas, y es uno de los miembros fundadores del consorcio global ProteomeXchange (PX). En este manuscrito, resumimos los desarrollos en los recursos de PRIDE y herramientas relacionadas desde que se publicó el manuscrito de actualización anterior en Nucleic Acids Research en 2016. En los últimos 3 años, el intercambio público de datos a través de PRIDE (como parte de PX) definitivamente se ha convertido en la norma en el campo. Paralelamente, la reutilización de datos públicos de proteómica ha aumentado enormemente, con múltiples aplicaciones. Primero describimos la nueva arquitectura del Archivo PRIDE, el componente de archivo de PRIDE. El Archivo PRIDE y el marco de presentación de datos relacionado se han desarrollado aún más para apoyar el aumento en los volúmenes de datos enviados y tipos de datos adicionales. Se ha implementado un nuevo backend de almacenamiento escalable y tolerante a fallos, una Interfaz de Programación de Aplicaciones y una interfaz web, como parte de un proceso en curso. Además, enfatizamos el mejor apoyo para datos de proteómica cuantitativa a través del formato mzTab. Por último, describimos estadísticas clave sobre el contenido actual de datos y el volumen de descargas, y cómo los datos de PRIDE están comenzando a ser disseminados a recursos de valor añadido, incluyendo Ensembl, UniProt y Expression Atlas.