CB-Dock2: mejora del acoplamiento ciego proteína-ligando mediante la integración de detección de cavidades, acoplamiento y ajuste de plantillas homólogas

El acoplamiento ciego proteína-ligando es un método poderoso para explorar los sitios de unión de receptores y las poses de unión correspondientes de los ligandos. Ha tenido amplias aplicaciones en investigaciones farmacéuticas y biológicas. Anteriormente, propusimos un servidor de acoplamiento ciego, CB-Dock, que ha sido ampliamente utilizado (más de 200 envíos por día) por investigadores de todo el mundo desde 2019. Aquí, mejoramos sustancialmente el método de acoplamiento al combinar CB-Dock con nuestro motor de acoplamiento basado en plantillas para potenciar la precisión en la identificación del sitio de unión y la predicción de la pose de unión. En las pruebas de referencia, logró una tasa de éxito de aproximadamente 85% para la predicción de la pose de unión (RMSD < 2.0 Å), superando al CB-Dock original y la mayoría de las herramientas de acoplamiento ciego más populares. Este servidor de acoplamiento actualizado, llamado CB-Dock2, reconfiguró las interfaces web de entrada y salida, junto con un pipeline de acoplamiento altamente automático, convirtiéndolo en una herramienta especialmente eficiente y fácil de usar para las comunidades de bioinformática y quimioinformática. El servidor web está disponible de forma gratuita en https://cadd.labshare.cn/cb-dock2/.