Mejorada la energética torsional de péptidos y proteínas con el campo de fuerza OPLS-AA

Se informa sobre el desarrollo y validación de nuevos parámetros diédricos de péptidos para el campo de fuerza OPLS-AA. Se utilizaron métodos de química cuántica de alta precisión para escanear las superficies de energía potencial φ, ψ, χ1 y χ2 para dipeptidos bloqueados. Se ajustaron nuevos coeficientes de Fourier para los términos del ángulo diédrico del campo de fuerza OPLS-AA a estas superficies, utilizando una función de error ponderada de Boltzmann y examinando sistemáticamente los efectos de la temperatura de ponderación. Para prevenir el sobreajuste a los datos disponibles, se desarrolló un número mínimo de nuevos términos de torsión específicos de residuos y específicos de péptidos. Se utilizaron amplios puntos de referencia experimentales en fase de solución y en fase gaseosa de química cuántica para evaluar la calidad de los nuevos parámetros, denominados OPLS-AA/M, demostrando una mejora significativa sobre los campos de fuerza OPLS-AA anteriores. Se determinó que una temperatura de ponderación de Boltzmann de 2000 K era óptima para ajustar los nuevos coeficientes de Fourier para los parámetros del ángulo diédrico. Se sacan conclusiones a partir de los resultados sobre las mejores prácticas para desarrollar nuevos parámetros de torsión para campos de fuerza de proteínas.